FA 2.6 - Les arbovirus en milieux naturels et anthropisés au Gabon : circulation, transmission et émergence chez l’homme

Justification / enjeux

Le Gabon est recouvert à 60-80 % de forêts tropicales qui hébergent une biodiversité d'une richesse extrême et favorable au maintien de nombreux cycles naturels d’agents pathogènes zoonotiques, et parmi eux de virus transmis par des arthropodes hématophages (arbovirus). L’accélération de l’anthropisation des espaces forestiers, tend à augmenter les risques de passages des ces virus chez l’homme et l’émergence d’épisodes épidémiques.

Objectifs:

L’objectif principal du projet est de comprendre les modalités de circulation des arbovirus (surveillance des syndromes fébriles, identification des espèces animales réservoirs et des hôtes intermédiaires …), les modalités des transferts inter-espèces (transmission vectorielle …) et les modalités conduisant à l’apparition d’un foyer épidémique chez l’homme (biologie des vecteurs, écologie des réservoirs, facteurs de risques d’exposition et de sensibilité …). Le projet a également pour objectifs in fine d’évaluer les risques d’émergences virales et les mécanismes d’épidémisation. Le programme comprend des actions de recherche Gabon en milieu naturels (cycles selvatiques enzootiques) et en milieu anthropisé (cycles domestiques, épidémiques).

Etat de l’art :

Concernant les études en milieux naturels, le programme s’articule principalement autour du modèle de la fièvre de la vallée du Rift (FVR). Le virus FVR (Bunyaviridae, Phlebovirus), affecte les animaux domestiques (bovins, caprins, ovins principalement) au travers d’épizooties massives survenant principalement en Afrique. Outre cet aspect vétérinaire, le virus peut affecter l’homme et se manifester sous forme de fièvres hémorragiques d’issue souvent fatale. L’épidémiologie de la

FVR est assez bien documentée, mais des zones d’ombre persistent sur les modalités de maintien du virus et sur la caractérisation d’un cycle réservoir selvatique. Plusieurs éléments permettent de penser que les forêts du bassin du Congo pourraient abriter un  tel réservoir (isolement de moustiques selvatiques, sérologie chez des populations pygmées). Aussi en 2010, nous avons initié des études destinées à identifier les vecteurs  du RVF en milieu forestier. D’autres arbovirus appartenant aux genres alphavirus, flavivirus et phlebovirus  ont également été recherchés. Concernant les virus circulant en milieux anthropisés, les virus du chikungunya (CHIKV) et de la dengue (DENV) constituent des modèles de choix. Ces deux virus ont émergé en milieu urbain en 2007 au Gabon suite à des modifications  entomologiques liées à l’introduction d’Ae. albopictus. Les approches entomologiques sont indispensables à la compréhension des mécanismes d’épidémisation de ces deux virus, mais aussi pour  l’évaluation des risques et la mise en place de stratégies de lutte anti-vectorielle.

Démarches/méthodes:

Le programme de recherche est basé sur :

  • La mise en place d’un réseau de surveillance des syndromes fébriles et algiques auprès descentres de santé situés en milieu rural et en milieu urbain (Libreville) au Gabon.
  • Captures d’animaux dans des zones à risques ou des zones cibles.
  • Des collectes de culicidés en milieux naturels et anthropisés.
  • Criblage viral moléculaire des échantillons biologiques de cas cliniques humains, d’organes d’animaux ou de culicidés.
  • Isolement, caractérisation et analyses phylogéniques des virus identifiés.
  • Enquêtes sérologiques dans des populations humaines cibles
  • Réalisation d’inventaires taxonomiques des culicidés, études des répartitions géographiques et écologiques.
  • Etude biologique des vecteurs notamment  du comportement trophique (Détermination moléculaire de l’origine des repas de sang par séquençage de marqueurs mtDNA)
  • Infection expérimentales de vecteurs

Résultats attendus:

Les résultats obtenus doivent permettre d’apporter un regard nouveau sur les modalités de transmission d’arboviroses au Gabon et sur le risque d’émergence au Gabon et en Afrique.

Résultats déjà obtenus et perspectives

En 2010 des missions d’échantillonnage de Culicidés ont été réalisées en milieu selvatique dans la région de Lambaréné, dans le parc national de la Lopé et de la Lékédi. Un total de 19 527 spécimens (13 genres et 97 espèces) a été collecté. Ce travail aura également permis la mise en place d’une collection de référence au CIRMF et la réalisation d’une clé d’identification morphologique des culicidés d’Afrique Centrale. Outre l’aspect « inventaire », ce travail a fourni l’échantillonnage pour la réalisation d’un criblage d’arbovirus. Un total de 1 046 lots a été analysé à l’aide de systèmes RT-PCR génériques (pan-alphavirus, -flavivirus, -phlébovirus) et spécifiques (RVF, CHIKV, DENV, ZIKAV, WNV). Le volet « vecteurs d’arbovirus en milieux anthropisés » a été abordé en 2010 au travers d’actions entreprises lors d’épisodes épidémiques de CHIKV et DENV survenus en 2010 dans les provinces du Haut Ogoué (Franceville) et de l’Ogoué-Lolo (village de Ndangui). Une première action a concerné l’étude du phénomène de co-infection CHIKV/DENV chez les vecteurs naturels de ces  deux virus. Une seconde s’est intéressée à la diffusion des vecteurs et des virus dans des environnements ruraux isolés en forêt profonde. Initialement basé sur les arbovirus transmis par Culicidés (= moustiques), le programme sera progressivement étendu à d’autres groupes d’insectes hématophages (Phlébotomes, Cératopogonidés…).

Coordinateurs fiche: 
Axe: 
Axe 2 - Risque infectieux dans les environnements forestiers en mutation