FA 2.1 - Risques infectieux dans les environnements forestiers en mutation

Enjeux:

Les primates non-humains (PNH) d’Afrique centrale hébergent un nombre considérable d’agents infectieux (virus, bactéries, parasites et fungi). Le risque de transmission de ces infections à l’homme est réel et peut mener à l’émergence de nouvelles maladies. Le point de départ de l’émergence est l’événement du passage d’un agent infectieux de l’hôte sauvage à l’homme. Ce n’est généralement qu’après son  amplification au sein même des populations humaines que la maladie est détectée. Il est donc nécessaire qu’un travail de caractérisation du réservoir sauvage d’agents infectieux soit réalisé, en amont de la surveillance sanitaire dans les populations humaines, afin d’évaluer les menaces potentielles auxquelles l’homme s’expose lors du contact avec les populations simiennes.

Etat de l'art:

SIV et autres virus : Les virus de l’immunodéficience humaine, VIH-1 et VIH-2, responsables du SIDA, sont issus de la transmission à l’homme des virus de l’immunodéficience simienne (SIV) infectant naturellement les chimpanzés (Pan troglodytes troglodytes), les gorilles des plaines (Gorilla gorilla gorilla) et les mangabeys enfumés (Cercocebus atys atys) d’Afrique. 1Les ancêtres des VIH-1 et VIH-2 ont franchi cette barrière d’espèce  à plusieurs occasions, probablement par contact avec du sang et des tissus infectés de primates chassés et dépecés, par morsures, ou par contact avec des matières fécales de singes «domestiqués».2Les forêts tropicales humides du bassin du Congo hébergent de nombreuses espèces de singes, toutes menacées par le commerce de viande de brousse. À ce jour, des études sérologiques et/ou moléculaires ont mis en évidence une infection par SIV chez plus de 40 espèces de primates sur les 69 présentes en Afrique. Il n’est pas rare d’observer des taux d’infection par SIV très élevés dans des groupes de PNH adultes, avec des valeurs atteignant 60%.3Outre les SIV, d’autres virus transmissibles ou potentiellement transmissibles à l’homme infectent les PNH(ex : STLV, spumavirus). Des travaux de l’UMI 233 ont ainsi permis de mettre en évidence des portages simiens de parvovirus et d’entérovirus. Ceci montre à quel point la caractérisation d’agents infectieux d’importance pour la santé publique est cruciale.

Protozoaires et fungi : Les grands singes d’Afrique semblent être également à l’origine de la première transmission de Plasmodium falciparum, le parasite du paludisme le plus prévalent et le plus pathogène chez l’Homme. P. falciparum a en effet été identifié chez des gorilles du Cameroun4 et du Gabon,5 chez des  bonobos de République Démocratique du Congo6 ainsi que chez deux sous-espèces de chimpanzés du Cameroun.7 Ces études indiquent que les grands singes africains pourraient servir de réservoir sauvage  aux parasites responsables de paludisme grave.

Par analogie avec les infections opportunistes chez les patients atteints de SIDA, nous chercherons  la présence d’infections intestinales causées par des cryptosporidies et des microsporidies.

Helminthes : Les PNH partagent également un certain nombre de macroparasites avec l’Homme. Les ankylostomes Ancylostoma duodenale et Necator americanus, des espèces de strongyles du genre Strongyloides et Oesophagostomum ou encore Ascaris lumbricoides sont quelques exemples d’helminthes parasites pathogènes pour l’homme et les PNH.

Objectifs:

  • documenter l’abondance et la diversité du réservoir des agents infectieux recensés chez les PNH d’Afrique centrale (SIV et autres rétrovirus, Plasmodium, helminthes);
  • identifier de nouveaux agents infectieux d’importance pour la Santé Publique.

Démarches/méthodes:

Densité des PNH et détermination des espèces :  Il convient en premier lieu d’estimer l’abondance des populations de PNH et d’établir leur distribution dans les zones d’étude. Cela sera fait par la méthode des transects, avec comptage direct des animaux selon la théorie de l’échantillonnage à distance adapté aux environnements à végétation dense ou parcomptage des nids construits  au cours d’une période définie.8 Ce type de recensement sera effectué en saison sèche et en saison pluvieuse. Les espèces de PNH seront déterminées par analyse de l’ADN mitochondrial contenu dans les échantillons fécaux et de sang collectés.9Cela permettra, en outre, d’apprécier la diversité génétique des populations de PNH présentes dans la zone géographique du PPR.

Echantillonnage des agents infectieux des PNH : Deux types d’échantillons seront collectés : des échantillons de sang (et de tissus) et de fèces. Les premiers seront prélevés sur les carcasses de viande de brousse dans les marchés ruraux. Le sang récupéré sur la viande sera conservé sur des papiers filtres. Les fèces de grands singes seront collectées à proximité des nids de repos et grâce au suivi  de leurs traces sur le sol. Un extrait de chaque échantillon collecté sera conservé dans du RNALater pour préserver l’ADN et l’ARN viral et un autre extrait sera conservé dans du formol de façon à préserver les protozoaires et les œufs et larves de macroparasites. 

Identification des agents infectieux des PNH : L’identification des SIV et autres lentivirus sera réalisée à partir de  l’ADN viral présent dans le sang  ou de l’ARN extrait des prélèvements fécaux. Cette méthode nous a permis de caractériser les SIVcol, SIVwrc, SIVolc,SIVdeb, SIVtal, SIVgsn, SIVmus et SIVmon à partir de prélèvements de singes décédés, et d’échantillons fécaux pour les  SICVcpz, les SIVgor et les SIVwrc. La présence de protozoaires (Plasmodium) et d’agents infectieux opportunistes (cryptosporidies et microsporidies) sera également détectée grâce à des sondes ADN. Dans un premier temps, les macroparasites seront détectés dans les selles et identifiés par examen microscopique. Nous envisageons dans un second temps de développer des tests basés sur des sondes moléculaires.

Site, instruments:

Depuis plusieurs années, l’UMI 233 assure un suivi du réservoir de SIV chez les chimpanzés et les gorilles dans trois zones situées dans les régions du Sud (Djoum et Campo-Ma’an) et de l’Est (Mambele) au Cameroun. Dans le cadre du PPR, nous envisageons de poursuivre ou d’étendre en collaboration avec d’autres unités de l’IRD nos recherches dans les régions de Minkébé au Gabon, du Nki en République du Congo et au Cameroun, et autour de la réserve du Dja au Cameroun. 

Résultats attendus:

- Cartographier la distribution et la densité des populations de PNH dans les zones d’étude,

- Description détaillée (abondance, diversité) du réservoir d’agents infectieux constitué par les PNH dans ces zones.